上海交通大学审计处成立于1986年，原与纪委、监察处合署办公，2016年4月，校党委常委会决定审计处机构独立。

审计处主要从事学校内部审计工作，通过对学校所有相关的经济活动及其内部控制的适当性、合法性和有效性的审查与评价，并提供咨询服务，旨在促进完善管理控制、防范风险、创造效益，从而促进学校事业目标的健康发展。审计处内部审计的范围与内容主要分为财务审计与工程审计两部分，具体包括：学校财务预算执行与决算审计、财务收支审计、处级领导干部经济责任审计、科研经费审计、财经活动内部控制审计、大额资金审计、建设工程项目审计（包括新建、修缮等）、各种专项资金审计及国家或上级主管部门要求进行的其他审计。上海交通大学审计处围绕学校的中心工作，在主管校长的领导下，对学校及其下属单位的经济活动进行监督与调查，为校领导提供决策服务，为学校的发展保驾护航。