上海交通大学审计处成立于1986年，原与纪委、监察处合署办公，2016年4月，校党委常委会决定审计处机构独立。

审计处内设4个科室：财务审计科、工程审计科、综合审计科、内部控制建设与管理科。

目前，审计处共有专职审计人员12名。其中，审计、会计等相关专业高级职称5名，中级职称6名。

审计处主要从事学校内部审计工作，通过对学校所有相关经济活动及其内部控制的适当性、合法性和有效性进行审查与评价，并提供咨询服务，促进完善学校管理控制、防范风险、创造效益，为学校健康发展保驾护航。